在省委、省政府的高度重視和關懷下，在社會各界的共同支持下，促進會于2009年9月10日在廣州舉行成立大會。中共中央政治局委員、省委書記汪洋會見了出席促進會成立大會的全體代表。省長黃華華到會祝賀并發表了講話，為新當選的促進會顧問、名譽會長、會長等頒發了榮譽證書。
　　全國人大華僑委員會主任委員高祀仁、國務院港澳辦副主任周波、省人大常委會副主任鐘陽勝、省政協副主席湯炳權、香港特區政府政務司司長唐英年、澳門特區政府經濟財政司司長譚伯源、香港中聯辦副主任黎桂康、澳門中聯辦副主任高燕，以及來自粵港澳三地的商會、行業協會、專家學者300余人參加了成立大會。
　　汪洋代表省委、省政府對促進會的成立表示熱烈祝賀，對長期關心、支持和推動粵港澳更緊密合作的各界人士表示衷心感謝。他指出，黨中央、國務院高度重視粵港澳合作，粵港澳合作促進會成立是貫徹落實中央戰略部署的具體體現，也是貫徹落實《規劃綱要》的重要舉措。汪洋對促進會的發展提出了三點殷切希望。一是希望促進會努力成為粵港澳各界與廣東各級黨委、政府的“傳聲筒”，積極反映各界關于加強合作的意見和建議，提高政府決策科學性、針對性。二是希望促進會要當好促進粵港澳各界合作的“加油站”，努力促進粵港澳合作的各項政策、舉措在實踐中得到落實與深化。三是希望促進會要當好粵港澳各界特別是經濟界合作的“發動機”，要注重發揮市場手段，推動市場主體加強合作，實現互利共贏，共同發展。汪洋要求促進會要認真謀劃工作重點，充分發揮會員作用，精心組織策劃一批有影響力的活動，努力把促進會打造成為三地民間交流合作的橋梁和紐帶，在積極推動粵港澳更緊密合作中大展鴻圖。
　　黃華華在講話中表示，促進會的成立，是創新粵港澳合作方式的重大舉措。他說，要實現《規劃綱要》確定的粵港澳發展目標、保持三地長期繁榮穩定，就要在合作方式、合作內容上有所創新，有所突破。除了要繼續加強政府層面的合作，還要積極推進三地民間的交流合作，吸納民間智慧，整合民間資源，提升合作的廣度和深度。黃華華強調，促進會的成立，為深化粵港澳合作發展搭建了新的平臺，將成為聯結友誼的紐帶，廣泛聯系粵港澳各界人士；成為促進合作的平臺，積極推進三地經濟、科技、文化、教育、民生等領域的合作；成為溝通協作的橋梁，向港澳各界人士介紹我國內地和我省改革開放、經濟建設和社會發展等情況；成為服務業界的典范，積極為業界排憂解難，維護業界權益。
　　大會聽取了籌備工作情況報告，討論并通過了促進會章程，選舉產生了理事會、會長、副會長、常務理事以及監事會等，決定了聘任顧問、名譽會長、名譽副會長、名譽常務理事人選。促進會新當選的首任會長李文岳向大會介紹了促進會定位、組織機構、會員組成等情況，明確了下一階段工作的思路和重點。